A mulher ninja (kunoichi), ao contrário das demais mulheres que deviam obedecer cegamente seu senhor (samurai), era considerada ninja. Seu sexo não era visto como um fator discriminatório: apesar de sua aparente fragilidade, ela dominava o artifício da sedução, recurso engenhoso de que o os homens não podiam fazer uso. Desta forma, a kunoichi inspirou tanto temor em seu inimigo que, durante um ataque a uma família ninja, todos os seus integrantes eram assassinados, inclusive seus animais.

Quanto mais atraente e sábia, mais hábil era a kunoichi. Convertida em espiã, seduzia o inimigo a fim de matá-lo - quando este se mostrasse mais indefeso - ou arrancar-lhe informações.

A mulher ninja recebia um treinamento similar ao ministrado ao homem, contudo, esta se especializava em envenenamento e recebia lições de farmacologia (Yagen); além disso revelava competência no uso de gases tóxicos e artigos urticantes. Podiam manejar com facilidade as seguintes armas: ninja- to, shuriken, tanto e tetsubishi. Como se não bastasse, a kunoichi ainda podia utilizar-se da kanzashi (artefato pontiagudo que servia para prender seus cabelos).

Na atualidade, as mulheres praticam ninjutsu junto com os homens, em seu treinamento básico. Logo que atingem o 5º Dan, seu treinamento torna-se especializado. Sua mestra e mentora é a Shihan Mariko Sama, esposa do Soke Masaaki Hatsumi.